特定のフォルダ配下を翻訳対象外にできますか?

可能です。

プロジェクト管理画面で、指定したディレクトリ/フォルダ/パスを含む URL を、自動ページ追加機能の対象外に設定できます。

詳しくは、除外パス設定機能を参照してください。